Shah, antes de intalar el NATO fighters tienes que tener los últimos parches publicados para WOE, si aún no los tienes los encuentras en la página de Thirdwire:
http://www.thirdwire.com/downloads_woe.htm
Ya que apliques los parches, tienes que instalar el NATO fighters en la carpeta principal del WOE, quedando la ruta así:
C:\Archivos de programa\Wings Over Europe
O donde tu lo tengas instalado, pero al final debe quedar Wings Over Europe. Y como dice Hans, si lo instalaste correctamente te debe aparecer el símbolo de la OTAN del lado inferior izquierdo de tu pantalla.